В Visual Studio Team Services можно столкнуться с ситуацией, когда удаленный проект всё ещё доступен для загрузки в Team Explorer. А значит исходный код все еще в облачном хранилище. Ну или просто нет желания тратить время на поиск кнопки удаления проекта на сайте. В подобных ситуациях поможет Visual Stusio и командная строка.